Яков Борисович – автор более 255 научных трудов в ведущих отечественных и зарубежных журналах, 15 монографий, 6 авторских свидетельств и патентов, 24 учебных, учебно-методических пособий и разработок. Под его руководством и при консультировании Якова Борисовича защищено 8 докторских и 23 кандидатских диссертаций.
При активном участии и руководстве Я.Б.Бейкина в 1990 году был создан Клинико-диагностический Центр, крупнейшее централизованное лабораторное учреждение г.Екатеринбурга, выполняющее исследования для лечебно-профилактических учреждений города и Свердловской области. В 2001 году по итогам работы Яков Борисович был признан лучшим главным врачом специализированного медицинского учреждения города, получив премию конкурса «Медицинский Олимп». Дважды, в 2005 и 2021 году, он был удостоен премии имени В.Н.Татищева и Г.В. де Генина. За время работы неоднократно был отмечен почетными грамотами Губернатора Свердловской области, Правительства Свердловской области, Екатеринбургской городской Думы, Главы г.Екатеринбурга, Министерства здравоохранения Свердловской области, благодарностью Комитета Государственной Думы РФ по науке и наукоемким технологиям. Награжден медалью М.В.Ломоносова Российской экономической Академии за вклад в науку, Дипломом и медалью Российского научного общества иммунологов за достижения в области иммунологии. В 2014 г. награжден медалью ордена «За заслуги перед отечеством» II степени, в 2022 году — национальной профессиональной премией в области лабораторной медицины им. В.В.Меншикова. 20 января 2023 года Якову Борисовичу было присвоено звание «Почетный гражданин Свердловской области».
Более 20 лет Бейкин Я.Б. был главным внештатным специалистом Управления здравоохранения, а в последние годы — Минздрава Свердловской области по клинической лабораторной диагностике, председателем Лабораторного совета города, много сил отдавая вопросам организации лабораторной службы.
Я.Б. Бейкин был не просто одним из лидеров лабораторной диагностики Среднего Урала, он был Наставником и Учителем, образцом профессионализма, стремления к постоянному совершенствованию навыков и знаний. Он учил житейской мудрости, проявлял искреннюю заботу и участие в судьбе коллег, в трудную минуту всегда оказывал помощь и поддержку всем, кто в этом нуждался. В душе каждого Яков Борисович оставил светлые воспоминания.
Региональный комитет ассоциации «ФЛМ» по Свердловской области.